在選留棉種時，要選擇品種純度高的地塊、無病蟲害的棉株，要在地中央選擇伏桃，選擇完熟的“干花”。另外還應注意以下幾點：
不要選雜交棉品種在當前的科技水平下，雜交棉品種F 2代的分離現象十分嚴重，應避免留種。
不要選伏前桃和晚秋桃伏前桃和晚秋桃生長發育不良，成熟度差，鈴重輕，種子發芽率低，長勢弱，應避免留種。
不要選“剝桃”的棉子有些棉農對發育較為充分的伏桃，仍然有“剝裂嘴桃摘濕花”的陋習，由于這樣的伏桃沒有充分成熟，更沒有完成后熟，絕對不能留種。
不要選退化嚴重的棉花品種棉花是常異花授粉作物，異交率在3%～20%，抗蟲棉品種在經過幾年的連續繁殖過程中，如果不加以提純復壯，常會因昆蟲傳粉而造成生物學混雜。因此，對純度不高、品種退化嚴重的地塊應避免留種。
不要選病蟲害嚴重的棉株枯萎病、黃萎病是制約棉花產量的頑癥，棉子又是病菌的載體，病菌可以隨著棉子迅速傳播。因此，對感染枯萎病、黃萎病的棉株和抗蟲性弱的棉株一定要淘汰。而在重病地表現良好的棉株則可以留種。
不要選在水泥地面上曬過的棉子在水泥地面上曬含水量較高的棉子，會使部分棉子形成“啞子”，失去發芽能力。
不要選與農藥、化肥一起存放的棉子有些農戶將棉子與農藥、化肥長期存放在一起，由于通氣不良，農藥、化肥散發的有毒氣體會損傷棉子，造成棉子發芽率銳減。
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